H ελληνική μυθολογία αναφέρει ότι το νησί αυτό κατοικήθηκε από τους βοσκούς που προέρχονταν από τη Δυτική Ελλάδα και έψαχναν για βοσκοτόπια. Επειδή οι περισσότεροι από αυτούς ήταν άντρες, το νησί ονομάστηκε τότε Πολύαντρος. Από εδώ προέρχεται η συνήθεια των ναυτικών να ονομάζουν το νησί Πολύκαντρο.
Αργότερα κατοικήθηκε από τους Κρήτες υπό το γιο του Μίνωα Φολέγανδρο. Από επιγραφές όμως που βρέθηκαν στη νήσο οι πρώτοι κάτοικοι πρέπει να ήταν Δωριείς από τη Σαντορίνη του γένους των Αιγιδών. Στην εποχή της αρχαίας Ελλάδας στο νησί λατρεύονταν η Άρτεμη και ο Απόλλωνας.
Υπάρχουν δύο πιθανές εκδοχές για το όνομά της: α) ονομάστηκε από τον Μινωικό πρίγκηπα Φολέγανδρο (τρανοί ταξιδευτές οι Μίνωες έφτασαν εδώ από τη Βόρεια Κρήτη) ή β) έρχεται από τη Φοινικική λέξη "Phelekgundari" που σήμαινε "ξερός τόπος".
Έχουν βρεθεί παντού στο νησί αρχαία ερείπια (κυρίως Ρωμαϊκά) καθώς και Μεσαιωνικά αντικείμενα, μάρτυρες των πολλών εθνικοτήτων και φυλών που κατοίκησαν στο νησί παλαιότερα. Από εδώ πέρασαν Δωριείς, Ίωνες, Αθηναίοι, Ρωμαίοι, Eνετοί και τελευταίοι οι Ρώσοι οι οποίοι το παρέδωσαν στη Τουρκική δικαιοδοσία το 1617. Ερημώθηκε το 1715 μετά την απόβαση του Τούρκου ναύαρχου Τζανούμ Χότζα που το λεηλάτησε και εποικίστηκε ξανά περίπου το 1770.
Από το 1900 έως το 1970 η Φολέγανδρος απετέλεσε τόπος εξορίας πολιτικών κρατουμένων. Οι πολιτικοί κρατούμενοι παρακολουθούνταν από ένα μεγάλο αριθμό χωροφυλάκων. Οι εξόριστοι έπρεπε να παρουσιάζονται καθημερινά στη χωροφυλακή που τους παρακολουθούσε στους περιπάτους τους και ιδιαίτερα όταν κολυμπούσαν. Οι εξόριστοι καταπιάνονταν με χειρονακτικές εργασίες και αποκτούσαν άριστες σχέσεις με τους κατοίκους του νησιού. Συχνά έφτιαχναν πολύ ωραία έργα τέχνης, επιδόθηκαν ιδιαίτερα στην ξυλογλυπτική και συχνά συμμετείχαν στα γλέντια, τις γιορτές και τα πανηγύρια του νησιού.

Συντάκτης: Φωτεινή Αναστασοπούλου