Η αρχαία ονομασία του νησιού ήταν Οινόη, εξαιτίας της εκτεταμένης αμπελοκαλλιέργειας. Σύμφωνα με τη μυθολογία, όταν οι γυναίκες της Λήμνου επαναστάτησαν και έσφαξάν όλους τους άνδρες του νησιού, η κόρη του βασιλιά Θόαντα Υψιπύλη, για να σώσει τον πατέρα της, τον έβαλε σε ένα πιθάρι που το έριξε στη θάλασσα. Το πιθάρι αυτό παρασύρθηκε από τα κύματα κι έφτασε στις ακτές της Οινόης (Σικίνου), όπου μερικοί ψαράδες έσωσαν τον Θόαντα.
Από την ένωση του Θόαντα με μια ναϊάδα γεννήθηκε ο Σίκινος κι από αυτόν πήρε το όνόμα του το νησί. Από τους αρχαιότατους ακόμη χρόνους και μέχρι την απελευθέρωση της Ελλάδας από τον τουρκικό ζυγό, το νησί άλλαξε πολλούς κατακτητές.
Τον 10ο αι.π.χ. τη Σίκινο αποίκησαν οι Ίωνες.
Στους ρωμαϊκούς και αργότερα στους βυζαντινούς χρόνους , η Σίκινος περιέπεσε σε αφάνεια ενώ οι συνεχείς επιδρομές των πειρατών στην περιοχή , την αποδυνάμωναν όλο και περισσότερο.
Ακολούθησαν Ενετοί, Ρώσοι - για σύντομο χρονικό διάστημα - και Τούρκοι.
Η ένωση του νησιού με την υπόλοιπη Ελλάδα ήρθε το 1829.

Πηγή: ΙΔΡΥΜΑ ΜΕΙΖΟΝΟΣ ΕΛΛΗΝΙΣΜΟΥ
http://www2.egeonet.gr/