Στη Σχοινούσα συναντάμε σπάνια χλωρίδα, που περιλαμβάνει πολλά ενδημικά φυτά των Κυκλάδων αλλά και πολλά δέντρα, δίνοντας έτσι μια διαφορετική εκδοχή του κυκλαδίτικου τοπίου. Το νησί περιλαμβάνεται στο δίκτυο Natura 2000.
Η Σχοινούσα είναι τόπος ιδανικός για Ιστιοπλοΐα και yachting. Αν δεν έχετε δικό σας σκάφος ζητήστε πληροφορίες για το εκδρομικό καΐκι στα Τηλ.: 2285071948, 6972335217Οι περισσότερες παραλίες του νησιού είναι κατάλληλες για Windsurfing, λόγω του ότι υπάρχουν ισχυροί άνεμοι, κυρίως βοριάδες.
Αν είστε λάτρεις των καταδύσεων, οι κοντινές νησίδες Οφιδούσα Αγριλός, Κλειδούρα έχουν κηρυχθεί περιοχές ιδιαίτερου φυσικού κάλλους και προσφέρονται για καταδύσεις.
Για όσους λατρεύουν το υποβρύχιο ψάρεμα και τα θαλάσσια σπορ, για όσους μαγεύονται παρατηρώντας τον σιωπηλό κόσμο του βυθού, τα νερά της Σχοινούσας είναι ιδανικά.
Αν πάτε στη Σχοινούσα με σκάφος, αξίζει τον κόπο να κάνετε έναν περίπλου του νησιού και των γύρω νησίδων. Ξεκινώντας από το Φύκιο με κατεύθυνση νότια περνάμε από τη διάσημη παραλία Ψιλή Άμμο και μπαίνουμε στου Παπά τ' Αυλάκι. Ακολουθούν η Φουντάνα και οι δύο μικροσκοπικοί ορμίσκοι του Αλμυρού. Περνώντας τον κάβο του Νικόλα συναντάμε τις μικρές παραλίες στη σκιά των βράχων στη δεξιά άκρη του όρμου Μπαζαίου. Το φυσικό σπήλαιο που υπάρχει σ’ αυτή την παραλία, μπορεί να σας προσφέρει σκιά. Μετά τον όρμο του Λιόλιου αξίζει να πάτε μέχρι το Ασπρονήσι με τη μοναχική παραλία στα νοτιοανατολικά. Περνώντας το δίαυλο ανάμεσα στην Αλυγαριά και τον Αϊ - Βασίλη χρειάζεται προσοχή στις ξέρες, επομένως, καλύτερα να κάνετε το γύρο της Φιδούσας. Το νότιο τείχος των βράχων είναι εξαιρετικός ψαρότοπος, ενώ αλλάζοντας πορεία προς το βορρά εμφανίζεται η ωραία και μοναχική παραλία της Φιδούς. Συνεχίζοντας προς βορρά για να ολοκληρώσετε τον περίπλου θα περάσετε από το Λιβάδι, το Τσιγκούρι, το Μερσίνι.
Αν έχετε σκάφος, το καλύτερο σημείο για να αγκυροβολήσετε είναι στη Μυρσίνη, το μικρό όμορφο λιμάνι στα βορειοδυτικά της Σχοινούσας. Μπορείτε να δέσετε στην αποβάθρα που δένει το πλοίο της γραμμής, ή στην προβλήτα πιο βόρεια, αν το σκάφος σας είναι πολύ μεγάλο. Η προστασία από το μελτέμι είναι καλή.
Στις παραλίες της Σχοινούσας θα πάτε με τα πόδια, το νησί είναι μικρό και η περισσότερη ώρα που θα χρειαστεί να περπατήσετε δεν θα είναι παραπάνω από 20 λεπτά
Η παραλία Τσιγκούρι είναι μεγάλη, με χρυσή αμμουδιά και καθαρή, αλλά σε κάποια σημεία μέσα στη θάλασσα έχει μεγάλες πέτρες.
Το Λιβάδι είναι μία από τις καλύτερες παραλίες του νησιού, με ξανθιά άμμο και τεράστια αρμυρίκια που προσφέρουν όμορφη σκιά στους κολυμβητές. Το πιο σημαντικό είναι ότι δεν την "πιάνουν "επίσης τα μελτέμια.
Η Ψιλή Άμμος είναι ίσως η καλύτερη παραλία του νησιού, με λεπτή άμμο και αμμόλοφους που φτάνουν έως τα βράχια. Tο μόνο αρνητικό είναι ότι την πιάνει πολύ ο βοριάς.
Η παραλία Aλιγαριά, με διάφανα χρυσοπράσινα νερά, και λεπτή χρυσαφένια άμμο θα σας γοητέψει!..
Στην μικροσκοπική παραλία Mπαζαίος, με πεντακάθαρα διάφανα νερά, υπάρχει μια φυσική σπηλιά, που μπορείτε να καταφύγετε για σκιά.
Στην παραλία Φουντάνα, με αμμουδιά, δεσπόζει ένα μικρό κάστρο, του οποίου η ιστορική ταυτότητα παραμένει άγνωστη μέχρι σήμερα.
Στην πεντακάθαρη παραλία της Χοχλακιάς με τα χοντρά βότσαλα θα απολαύσετε τον ήλιο και τη θάλασσα. Να έχετε φαγητό και νερό μαζί σας ή ό,τι άλλο θα χρειαστείτε, γιατί δεν υπάρχουν μαγαζιά.
Σε όσους αρέσει ο συνδυασμός του βότσαλου και της άμμου, υπάρχει η μεγάλη παραλία του Λιόλιου, όπου το τοπίο ποικίλει, από αμμώδες έως βραχώδες και τα νερά είναι κρυστάλλινα και πεντακάθαρα.
Αν αναζητάτε ηρεμία και απομόνωση, οι αμμώδεις ερημικές παραλίες του Αγίου Βασιλείου και της Φιδούς θα αποδειχθούν παράδεισος.Επειδή δεν είναι προσβάσιμες από τη στεριά, ο μοναδικός τρόπος να φτάσετε εκεί είναι με σκάφος, (δικό σας ή με το εκδρομικό καΐκι) αλλά το θέαμα που θα αντικρίσετε θα σας ανταμείψει με τα ελκυστικά γαλαζοπράσινα νερά.