Η παράδοση θέλει το όνομά της να το χρωστά στο θαμνώδες φυτό Σχίνο που αφθονεί σε όλο το νησί. Σύμφωνα με μια άλλη εκδοχή το νησί πήρε το όνομά του από τον Ενετό άρχοντα Σχινόζα. Πάντως, στο παρελθόν συναντάμε το νησί και με τις ονομασίες Εχινούσα και Πανιδιά.
Το νησί κατοικούνταν από την προϊστορική περίοδο και σύμφωνα με τα αρχαιολογικά ευρήματα μπορούμε να συμπεράνουμε ότι η Σχοινούσα είχε συμμετοχή στη δημιουργία του πρωτοκυκλαδικού πολιτισμού με σημαντικότατο κέντρο τη γειτονική νήσο Κέρο. Κατά τη Βυζαντινή εποχή η Σχοινούσα ανέπτυξε σημαντική εμπορική δραστηριότητα, κι απ' ότι φαίνεται γνώρισε κάποια άνθιση, πράγμα που προκύπτει από τα άφθονα βυζαντινά κεραμικά ευρήματα και το πλήθος των οικοδομικών υπολειμμάτων βυζαντινών ναών. Από τα τέλη του 11ου αιώνα ανήκε στο μοναστήρι της Παναγίας της Χοζοβιώτισσας στην Αμοργό. Αργότερα εντάχθηκε στο Δουκάτο του Αιγαίου με ηγεμόνα το Μάρκο Σανούδο. Το 1537, μετά την κατάληψη της Νάξου από το Χαϊρεντίν Μπαρμπαρόσα, το νησί υπάγεται στην Οθωμανική Αυτοκρατορία.
Σε διάφορες χρονικές περιόδους οι μικροί οικισμοί της Σχοινούσας εγκαταλείφθηκαν από τους κατοίκους, λόγω των συχνών πειρατικών επιδρομών. Δε διαθέτουμε αρκετές πληροφορίες, ώστε να μπορέσουμε να παρουσιάσουμε με πιο πολλές λεπτομέρειες την ιστορία της Σχοινούσας. Τα ελάχιστα στοιχεία που γνωρίζουμε για το νησί, όσον αφορά τους μεσαιωνικούς χρόνους και την περίοδο της Οθωμανικής κυριαρχίας προέρχονται από αναφορές των διοικητικών και εκκλησιαστικών παραγόντων γειτονικών νησιών, όπως της Νάξου και της Αμοργού. Φαίνεται λοιπόν ότι το νησί ήταν εγκαταλελειμμένο κατά το μεγαλύτερο διάστημα της Οθωμανικής κυριαρχίας και άρχισε να κατοικείται και πάλι περίπου στα μέσα του 19ου αιώνα, όταν πια η Σχοινούσα είχε ήδη ενταχθεί στο ελληνικό κράτος, από την ίδρυσή του, το 1830. Οι νέοι κάτοικοι της Σχοινούσας ήταν κυρίως Αμοργιανοί και ασχολήθηκαν με τη γεωργία και την εκτροφή ζώων. Στον 20ό αιώνα ωστόσο η πλειονότητα των κατοίκων εγκατέλειψαν το νησί και εγκαταστάθηκαν στην πρωτεύουσα, αναζητώντας μια καλύτερη ζωή.
Από το 1941 έως το 1944 η Σχοινούσα ακολούθησε τη μοίρα των Κυκλάδων, περνώντας στην ιταλική κατοχή (1941-1943) και στη συνέχεια στη γερμανική, μέχρι την απελευθέρωσή της το 1944.

Συντάκτης: Φωτεινή Αναστασοπούλου