Η μυθολογία συνδέει την Ανάφη με την επιστροφή των Αργοναυτών από την Κολχίδα. Προσπαθώντας να αποφύγουν το ξαφνικό σκοτάδι και τη σφοδρή κακοκαιρία στο Κρητικό πέλαγος, οι Αργοναύτες ζήτησαν τη βοήθεια του θεού Απόλλωνα. Κι εκείνος έριξε μια λαμπερή δέσμη φωτός, που τους φανέρωσε το κοντινότερο νησί, στο οποίο έσπευσαν να αγκυροβολήσουν. Λόγω της σωτήριας εμφάνισης του νησιού αυτού, οι Αργοναύτες το ονόμασαν Ανάφη (=νησί που φωτίζεται) και, για να τιμήσουν το θεό που τους συμπαραστάθηκε, έχτισαν εκεί ένα ιερό του Απόλλωνα Αιγλήτου(=ακτινοβόλου).
Η προσπάθεια σύνδεσης του Απόλλωνα με την ιστορία του νησιού οφείλεται στην εξέχουσα θέση του συγκεκριμένου θεού στη μυθολογία των Κυκλάδων. Κάθε χρόνο τιμούσαν τον θεό με μια γιορτή που ονομαζόταν «Υακίνθεια». Άλλες πηγές υποστηρίζουν ότι το νησί ήταν η πατρίδα του Αιόλου, του θεού των ανέμων, ο οποίος πρόσφερε στον Οδυσσέα τους ασκούς με τους ανέμους.
Σύμφωνα με αρχαιολογικά ευρήματα που έχουν αποκαλυφθεί στην Ανάφη, αποδεικνύεται ότι το νησί κατοικούταν από την προϊστορική εποχή. Μετά την παρακμή του κυκλαδικού πολιτισμού, η Ανάφη κατοικήθηκε από Φοίνικες και Δωριείς, οι οποίοι και ίδρυσαν την πόλη της Ανάφης. Τον 5ο αιώνα π. Χ η Ανάφη έγινε μέλος της Αθηναϊκής Συμμαχίας. Στην κορυφή του λόφου Καστέλι, στο κέντρο του νησιού, σώζονται τα κατάλοιπα της αρχαίας πρωτεύουσάς του (4ος-2ος αι. π.Χ.). Τα ευρήματα περιλαμβάνουν κυρίως ίχνη ισχυρού τείχους, νεκροταφείο με εντυπωσιακούς τάφους σε μορφή οίκων, αλλά και ρωμαϊκά επιτύμβια μνημεία.
Ο αρχαίος ναός του Απόλλωνα του Ασγελάτα ή Αιγλήτου, που σύμφωνα με την μυθολογική παράδοση χτίστηκε από τους Αργοναύτες, εντοπίστηκε στη νοτιοανατολική ακτή, κι επάνω στα ερείπιά του είναι χτισμένη η Μονή της Κάτω Παναγίας της Καλαμιώτισας, με χρήση αρχαίου οικοδομικού υλικού και επιγραφών. Ο ναός αποτελούσε το επίκεντρο της θρησκευτικής ζωής των αρχαίων κατοίκων. Από επιγραφές προκύπτει ότι λατρεύονταν και άλλοι θεοί, όπως ο Ασκληπιός, ο Ζευς Κτήσιος και η Αφροδίτη. Το πολιτικό κέντρο (Καστέλι) και το θρησκευτικό (ο ναός του Απόλλωνα) συνδέονταν με μια ιερά οδό, τμήματα της οποίας έχουν εντοπιστεί. Τέλος, η θέση Καταλυμάτσο (ή Καταλυμάκια), λίγο δυτικότερα από το ιερό, ταυτίζεται με το αρχαίο λιμάνι του νησιού, όπως διαπιστώνεται από τα ερείπια νεωρίων και μικρού οικισμού, που συνδεόταν με τις δύο παραπάνω θέσεις, δια μέσου μιας παράκαμψης της ιεράς οδού.
Στη Βυζαντινή εποχή, η Ανάφη δεν ανέπτυξε ιδιαίτερη δραστηριότητα. Μετά την κατάληψη της Κωνσταντινούπολης από τους Φράγκους (1204), ο Μάρκος Σανούδος συγκρότησε το Δουκάτο του Αιγαίου, αφού κατέλαβε όλες τις Κυκλάδες. Η Ανάφη παραχωρήθηκε στο Λεονάρδο Φώσκολο και το όνομά της εκλατινίστηκε σε Νamphio.
Το μεσαίωνα το νησί υπαγόταν στο Δουκάτο της Νάξου και κυβερνήθηκε από διάφορους Βενετούς ηγεμόνες. Η Ανάφη όπως και τα άλλα νησιά των Κυκλάδων ταλαιπωρήθηκε από πολλές πειρατείες οι οποίες της προκάλεσαν μεγάλες καταστροφές. Πολλοί κάτοικοι του νησιού αναγκάστηκαν να καταφύγουν στην Κρήτη. Η χειρότερη καταστροφή επήλθε το 1537, όταν το νησί λεηλατήθηκε από τον Μπαρμπαρόσα και στη συνέχεια υποδουλώθηκε στους Τούρκους.
Η Ανάφη, συμμετείχε ενεργά στην επανάσταση του 1821 ενώ ενσωματώθηκε στο ελληνικό κράτος το 1832. Στα χρόνια της βασιλείας του Όθωνα, επειδή οι Αναφιώτες είχαν τη φήμη των καλύτερων οικοδόμων της χώρας, με διαταγή του βασιλιά αρκετοί κάτοικοι μετακινήθηκαν από το νησί στην Αθήνα, για να κτίσουν τα βασιλικά ανάκτορα. Εγκαταστάθηκαν στους πρόποδες της Ακρόπολης και δημιούργησαν τη δική τους γειτονιά, τα «Αναφιώτικα», τα οποία ήταν μια μικρογραφία του νησιού τους που πλέον είναι ένα αξιοθαύμαστο αρχιτεκτονικό στολίδι της Αθήνας.

Πηγή: ΙΔΡΥΜΑ ΜΕΙΖΟΝΟΣ ΕΛΛΗΝΙΣΜΟΥ
http://www2.egeonet.gr/