Πολλοί πιστεύουν ότι οφείλουν το όνομά τους σε μια δυσκολία ακοής των κατοίκων, στην πραγματικότητα δεν είναι καθόλου έτσι. Tο όνομά τους έχει αποδοθεί στις πελώριες σπηλιές, που έβλεπαν από μακριά οι κουρσάροι θεωρώντας ότι τα νησιά είναι κούφια. Έτσι λοιπόν προέκυψε το Kουφιονήσια, που μετεξελίχθηκε σε Kουφονήσια.
Τα Κουφονήσια κατοικούνται αδιάλειπτα από την Προϊστορική ακόμα εποχή. Ανασκαφές που έγιναν στην περιοχή Επάνω Μύλοι έφεραν στο φως σημαντικά ευρήματα (ταφικά και άλλα) των πρώιμων φάσεων του Κυκλαδικού Πολιτισμού. Ίσως το πιο σημαντικό από αυτά, ένα τηγανόσχημο αγγείο, με χαραγμένο επάνω του ένα εννεάκτινο αστέρι φυλάσσεται σήμερα στο Μουσείο της Νάξου. Μια δεύτερη ανασκαφή της ανατολικής ακτής αποκάλυψε ευρήματα Ελληνιστικών και Ρωμαϊκών χρόνων.
Η γειτονική Κέρος επίσης, την οποία αξίζει κανείς να επισκεφθεί απ' ό, τι οι έρευνες δείχνουν, αποτέλεσε σημαντικό κέντρο του Κυκλαδικού Πολιτισμού (3000-2000 π. Χ.). Στη διάρκεια των αιώνων που ακολούθησαν τα Κουφονήσια υποτάχτηκαν στην κοινή μοίρα όλων σχεδόν των νησιών των Κυκλάδων, μήλο της έριδας για ποικιλώνυμους πειρατές. Άλλαξαν πολλές φορές χέρια ανάμεσα σε Τούρκους και οικογένειες Λατίνων αρχόντων. Οι Κουφονησιώτες, άλλοτε από ανάγκη και άλλοτε κατ' επιλογήν, συνέπρατταν συχνά με Μανιάτες ή άλλους πειρατές, οι οποίοι χρησιμοποιούσαν τον πορθμό ανάμεσα στο Πάνω και το Κάτω Κουφονήσι ως ασφαλές καταφύγιο.
Τον 17ο αιώνα, την περίοδο των μεγάλων συγκρούσεων ανάμεσα στις δυο ναυτικές υπερδυνάμεις της εποχής, τη Βενετία και την Τουρκία, οι Κουφονησιώτες βρέθηκαν αποκλεισμένοι με το φάσμα του λιμού. Αναγκαστικά έφαγαν κάθε λογής βολβό που φύτρωνε στο άγονο νησί τους, πριν καταλήξουν στα ταπεινά λούπινα, τα οποία χρησιμοποιούσαν για ζωοτροφή. Ένα πικρό δίστιχο από εκείνη την εποχή διασώζει ο Μανώλης Γλέζος: «βάστα καημένε λούμπουνα, αν είσαι παλικάρι γιατι ο καμένος ο βολβός ουτ' ήταν, ουτ' εφάνη.»Τα Κουφονήσια απελευθερώθηκαν μαζί με τις υπόλοιπες Κυκλάδες με την επανάσταση του 1821.
ΚΕΡΟΣ
Το βραχώδες και αλίμενο νησί 1,5 ναυτικό μίλι ΝΑ του Κουφονησιού, στο οποίο σήμερα κατοικεί μόνο ένας ερημίτης βοσκός, υπήρξε ένα από τα σημαντικότερα κέντρα του Κυκλαδικού Πολιτισμού (3000-2000 π. Χ.). Ανασκαφές στη δυτική του πλευρά έχουν αποκαλύψει μεγάλης αξίας αρχαιολογικά ευρήματα, μεταξύ των οποίων και περισσότερα από 100 μαρμάρινα είδωλα. Δύο από αυτά, ο αρπιστής και ο αυλητής εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο της Αθήνας ενώ επιβλητικό είναι και το μοναδικό ύψους 1,40 μ. ειδώλιο της Μεγάλης Μητέρας.
Κατά μια εκδοχή η Κέρος ταυτίζεται με την Αστερία, το νησί, στο οποίο κατά τη μυθολογία γεννήθηκαν οι αρχαίοι Θεοί Απόλλων και Άρτεμη- και όχι στη Δήλο όπως γενικά πιστεύεται. Οι υποστηρικτές της θεωρίας ανατρέχουν στον Όμηρο, τα Ορφικά και άλλες αρχαίες πηγές και ηχούν πειστικοί, κάποιοι επίσης διατείνονται ότι τα μοναδικού ύφους κυκλαδίτικα είδωλα χρησιμοποιούσαν ως αφετηρία έμπνευσης και μοντέλο την ξαπλωμένη γυναικεία μορφή που διαγράφεται στην κορυφογραμμή του νησιού.

Συντάκτης: Φωτεινή Αναστασοπούλου