Η κυριότερη και πιο πλούσια πηγή πληροφοριών για τον πολιτισμό της προϊστορικής Θήρας είναι ο οικισμός του Ακρωτηρίου που ήκμασε κατά το πρώτο μισό της 2ης χιλιετίας π. Χ.
Η θέση πρωτοκατοικήθηκε κατά την Ύστερη Νεολιθική (5η χιλιετία π. Χ.) και κατά την Πρώιμη εποχή του Χαλκού (3η χιλιετία π. Χ.), όπως μαρτυρούν πενιχρά ευρήματα. Κατά τη Μεσοκυκλαδική περίοδο, έχοντας αναπτύξει στενές σχέσεις με τη μινωική Κρήτη και την ηπειρωτική Ελλάδα, ο οικισμός μετατρέπεται σε πολιτιστικό, οικονομικό, εμπορικό και καλλιτεχνικό κέντρο του Αιγαίου που φτάνει στο απόγειό του κατά την Υστεροκυκλαδική Ι περίοδο. Η τρομακτική έκρηξη του ηφαιστείου (που τοποθετείται στο 1650 π. Χ. περίπου) είχε σαν συνέπεια την ολοσχερή καταστροφή του οικισμού. Όμως, διατηρήθηκαν κάτω από το παχύ στρώμα τέφρας τα κατάλοιπα του σημαντικού αυτού πολιτιστικού κέντρου, δίνοντας σημαντικές πληροφορίες για την εποχή.
Μετά από εγκατάλειψη 2-3 αιώνων, το νησί κατοικείται και πάλι κατά τη Μυκηναϊκή περίοδο (ύψωμα Μονόλιθος). Φοίνικες εγκαθίστανται στο νησί το 13ο αι. π. Χ. και το ονομάζουν Καλλίστη, ενώ από τα τέλη του 12ου αι. π. Χ. το αποικίζουν Λακεδαιμόνιοι, με επικεφαλής τον Θήρα, από τον οποίο προέρχεται και το όνομά του.
Το κέντρο του νησιού στα ιστορικά χρόνια βρίσκεται στην ανατολική ακτή, στο βράχο του Μέσα Βουνού, όπου αναπτύχθηκε η πόλη της αρχαίας Θήρας που παρουσίασε συνεχή κατοίκηση από τα Γεωμετρικά ως και τα Ύστερα Ρωμαϊκά χρόνια (9ος - 3ος αι. π. Χ.). Η Θήρα τον 6ο αι. π. Χ. έκοψε δικό της νόμισμα και συνέδεσε την τύχη της με την πορεία της μητρόπολής της, της Σπάρτης, κατά τον Πελοποννησιακό πόλεμο. Στα Ελληνιστικά χρόνια το νησί αναπτύσσεται και χρησιμοποιείται ως ναυτική και στρατιωτική βάση των Πτολεμαίων, ενώ κατά τη Ρωμαϊκή περίοδο δεν παρουσιάζει ιδιαίτερη δραστηριότητα.
Για την Πρώιμη Βυζαντινή περίοδο οι μόνες σημαντικές πληροφορίες που έχουμε είναι ότι από τον 4ο αι. μ. Χ. το νησί ασπάστηκε το χριστιανισμό και συγκρότησε την επισκοπή Θήρας. Μετά τον 9ο αι. μ. Χ. η Θήρα εντάχθηκε στο θέμα του Αιγαίου. Ο Αλέξιος Α΄ ο Κομνηνός (1081-1118) ίδρυσε το ναό της Παναγίας Επισκοπής στη Γωνιά, στο κέντρο του νησιού.
Μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους Φράγκους (1204), η Θήρα γίνεται έδρα της μίας από τις τέσσερις λατινικές επισκοπές του δουκάτου του Αιγαίου και παραχωρείται μαζί με τη Θηρασία στο βαρόνο Ιάκωβο Βαρότση ως το 1335, οπότε τέθηκε κάτω από την ηγεμονία του Νικόλαου Σανούδου, δούκα της Νάξου, της πρωτεύουσας του λατινικού κρατιδίου. Οι Λατίνοι έδωσαν στο νησί το όνομα Σαντορίνη από την εκκλησία της Αγίας Ειρήνης (Santa Irene), την οποία πρωτοαντίκρυσαν όταν το προσέγγιζαν. Τα επόμενα χρόνια και ως το 1487 το νησί αλλάζει κυρίους ανάμεσα στις φραγκικές οικογένειες των Σανούδων, των Κρίσπι και των Πιζάνι. Το 1487 προσαρτάται μαζί με το δουκάτο του Αιγαίου στη Βενετία.
Κατά τη διάρκεια της κυριαρχίας των Φράγκων οι πειρατικές επιδρομές σφράγισαν αποφασιστικά την οικονομική, δημογραφική και κοινωνική ζωή του νησιού. Επιπλέον, κατά την περίοδο αυτή μέρος των κατοίκων ασπάστηκε το καθολικό δόγμα.Το 1537 η Σαντορίνη λεηλατήθηκε από το Χαϊρεντίν Μπαρμπαρόσα, και το 1566 πέρασε οριστικά στα χέρια των Οθωμανών. Όμως παραχωρήθηκαν προνόμια στους κατοίκους της, με συνέπεια την άνοδο του εμπορίου, της ναυτιλίας και τη μετατροπή του νησιού σε ισχυρό κέντρο με δυναμικό στόλο και σχέσεις με τα μεγάλα λιμάνια της εποχής (Αλεξάνδρεια, Κωνσταντινούπολη). Το εμπόριο και η ναυτιλία απετέλεσαν τους βασικούς τομείς ανάπτυξης και μετά την ίδρυση του νεοελληνικού κράτους, στο οποίο εντάχθηκε το 1830, αναδεικνύοντας την οικονομική ανεξαρτησία του νησιού και των κατοίκων του. Το 1941 η Σαντορίνη αρχικά εντάχθηκε στην ιταλική διοίκηση, στα πλαίσια της κατοχής των ελληνικών εδαφών από τις Δυνάμεις του Άξονα. Μετά τη συνθηκολόγηση της Ιταλίας το 1943 το νησί γνώρισε τη γερμανική κατοχή ως την απελευθέρωσή του.
Σημαντικό γεγονός της νεότερης ιστορίας είναι η έκρηξη του ηφαιστείου το 1956 και οι καταστροφικοί σεισμοί, που είχαν σαν συνέπεια την εγκατάλειψη του νησιού από μεγάλο μέρος του πληθυσμού, υπογραμμίζοντας το διαχρονικό ρόλο των φυσικών δυνάμεων στη Σαντορίνη.

Πηγή: ΙΔΡΥΜΑ ΜΕΙΖΟΝΟΣ ΕΛΛΗΝΙΣΜΟΥ
http://www2.egeonet.gr/