Σύμφωνα με ένα μύθο, η δημιουργία των Κυκλάδων και συγκεκριμένα της Ηράκλειας, αποδίδεται στον θεό Ποσειδώνα. Λέγεται ότι ο θεός της θάλασσας μεταμόρφωσε σε νησίδες τις νύμφες Κυκλάδες για να τις τιμωρήσει επειδή τον είχε εξοργίσει η συμπεριφορά τους.
Αν και είναι λίγα τα ιστορικά και αρχαιολογικά στοιχεία που διαθέτουμε για την Ηρακλειά, μπορούν να βοηθήσουν να σχηματίσουμε μια εικόνα για την ιστορία του νησιού.
Κατά την Πρωτοκυκλαδική περίοδο (3η χιλιετία π.Χ.) έχει διαπιστωθεί η ύπαρξη δύο μικρών οικισμών στο νησί, στις θέσεις Κάμπος Αγίου Αθανασίου και Άγιος Μάμας, των οποίων οι κάτοικοι ασχολούνταν με τη γεωργία, την κτηνοτροφία και την αλιεία. Στον Άγιο Μάμα έχει εντοπιστεί και το νεκροταφείο του οικισμού με κιβωτιόσχημους τάφους, όπου βρέθηκαν πήλινα αγγεία και μαρμάρινα ειδώλια. Στο ακρωτήριο του Αγίου Γεωργίου, στα ΒΑ, βρέθηκε και μία λεπίδα οψιανού που προέρχεται από τη Μήλο. Από αυτό συμπεραίνουμε την μικρή συμμετοχή του νησιού στις εμπορικές δραστηριότητες της Πρωτοκυκλαδικής περιόδου τότε που είχαμε ανάπτυξη των θαλάσσιων εμπορικών δρόμων και άνθιση της ναυσιπλοΐας.
Στους ιστορικούς χρόνους, και ιδιαίτερα κατά την Ελληνιστική περίοδο (4ος-2ος αι. π.Χ.), υπάγεται η οχυρή θέση Κάστρο, κοντά στο Λιβάδι. Το οχυρό διαθέτει εντυπωσιακούς ψηλούς τετράγωνους πύργους και στο εσωτερικό του διακρίνονται ίχνη κατοίκησης επί πολλές και διαδοχικές περιόδους των ιστορικών χρόνων (Ελληνιστική, Ρωμαϊκή). Στο εσωτερικό του οχυρού βρισκόταν Ναός του Δία και Ιερό της θεάς Τύχης (Τυχαίο). Η συνεχής κατοίκηση της Ηρακλειάς στη διάρκεια των ιστορικών χρόνων αποδεικνύεται άλλωστε από τα διάσπαρτα αρχαιολογικά ευρήματα σε πολλά σημεία του νησιού.
Κατά τους Νεότερους χρόνους και συγκεκριμένα στη διάρκεια της οθωμανικής περιόδου, τα στοιχεία υποδηλώνουν πως οι κλειστοί και δυσπρόσιτοι ορμίσκοι του νησιού αποτέλεσαν ιδανικά κρησφύγετα πειρατών που λυμαίνονταν το Αιγαίο. Η δραστηριότητα των πειρατών εκείνη την περίοδο καθόριζε σε μεγάλο βαθμό την καθημερινή ζωή και τις συνήθειες των κατοίκων του μικρού νησιού. Προς το τέλος του 18ου αιώνα και μέχρι το 1826, το μεγαλύτερο τμήμα του νησιού μετατράπηκε σε χέρσες εκτάσεις κι ελάχιστα χωράφια ήταν καλλιεργήσιμα («μετόχια») για τις ανάγκες των μοναχών του μοναστηριού της Χοζοβιώτισσας της Αμοργού ή και εκτάσεις για τη βοσκή των ποιμνίων τους, διότι η Ηρακλειά ανήκε στην ιδιοκτησία του μοναστηριού.
Το έτος 1826 άρχισε η παράνομη εποίκηση μερικών κατοίκων της Αιγιάλης Αμοργού οι οποίοι άρχισαν να εκχερσώνουν το νησί. Το 1831 όμως το Μοναστήρι επιτρέπει και σε άλλους Αιγιαλίτες να έλθουν στην Ηρακλειά και υπογράφει μαζί τους συμβόλαιο δεκαετούς διάρκειας με δικαίωμα κατοχής και εκμετάλλευσης της γης και κατανομής των προϊόντων κατά 50%.Δεν διαθέτουμε περισσότερα στοιχεία για τη νεότερη ιστορία του νησιού. Μετά την επανάσταση του 1821 εντάχθηκε στο νεοσύστατο ελληνικό κράτος, όπως και τα υπόλοιπα νησιά των Κυκλάδων. Το 1941, στο πλαίσιο της κατοχής των ελληνικών εδαφών από τις Δυνάμεις του Άξονα, η Ηρακλειά αρχικά υπαγόταν στην ιταλική διοίκηση, ενώ μετά τη συνθηκολόγηση της Ιταλίας, το 1943, το νησί γνώρισε τη γερμανική κατοχή ως την απελευθέρωσή του, το 1944.

Πηγή: ΙΔΡΥΜΑ ΜΕΙΖΟΝΟΣ ΕΛΛΗΝΙΣΜΟΥ
http://www2.egeonet.gr/