Σήμερα στο Αγαθονήσι ζουν περίπου 150 κάτοικοι. Ασχολούνται κυρίως με την κτηνοτροφία και αλιεία. Καθώς το νησί είναι πλούσιο σε αλιεύματα υπάρχουν πολλές ιχθυοκαλλιέργειες , όπως στο Βαθύ Πηγάδι και στον απάνεμο κόλπο του Καθολικού.
Το Πάσχα, το αρνάκι σερβίρεται όχι στη σούβλα αλλά γεμιστό με ρύζι στο φούρνο.
Τον Αύγουστο στις 23 γίνεται το πανηγύρι της Παναγιάς.
Στο Αγαθονήσι μπορεί να πάει κανείς πολύ εύκολα καθώς έχει καθημερινή επικοινωνία το καλοκαίρι με, Λέρο, Πάτμο, Λειψούς, Σάμο και Χίο. Στο νησί λειτουργεί επίσης μεγάλο και σύγχρονο ελικοδρόμιο. Ο απάνεμος και ήσυχος κόλπος του Αγ. Γεωργίου είναι ιδανικός για τα διάφορα σκάφη που προσεγγίζουν στο νησί.

ΑΡΧΙΤΕΚΤΟΝΙΚΗ
Και οι δύο οικισμοί διατηρούν αρκετά στοιχεία παραδοσιακής αρχιτεκτονικής παρά τις κακοφωνίες νεόκτιστων σπιτιών.

Μεγάλο Χωριό: Τα παλαιότερα οικοδομήματα παρουσιάζουν ενδιαφέρουσα αρχιτεκτονική ιδιορρυθμία: Ορθογώνια, ισόγεια, μονοκάμαρα με καλαμοσκεπή οροφή και πατελιά, χτισμένα με ξερολιθιά και εσβτερικά σοβατισμένα με κοκκινόχωμα.

Μικρό Χωριό: Η αρχιτεκτονική των π αλιών σπιτιών είναι παρόμοια με το Μεγάλο Χωριό με διαφορετική διάταξη. Τα σπίτια είναι κτισμένα κυκλικά γύρω από μια κοινή αυλή - αίθριο, ενώ δεν έχουν εξωτερικά παράθυρα.

ΛΑΪΚΟΣ ΠΟΛΙΤΙΣΜΟΣ
Τα σημαντικότερα πανηγύρια είναι:
Του Αγίου Παντελεήμονα (26/7) και της Κοιμήσεως της Θεοτόκου (15/8). Και στα δύο γίνεται μεγάλη προετοιμασία αρκετών ημερών, με φαγητό και γλυκίσματα που προσφέρουν οι νοικοκυρές, άρτους που ψήνονται σε ξυλόφουρνους και φυσικά μουσική και χορό.