Έκταση 13,5 τ.χλμ.
Μόνιμος πληθυσμός 152 κάτοικοι
Το Αγαθονήσι είναι το βορειότερο νησί του συμπλέγματος της Δωδεκανήσου.
Στην αρχαιότητα ονομαζόταν Υετούσα, ενώ ο Θουκυδίδης το ονομάζει Τραγαία, ο Στράβων Τραγαίαιι - καθώς το συμπεριλαμβάνει μαζί με τα παρακείμενα νησιά και βραχονησίδες που το περιβάλλουν (Κουνελονήσι, Κατσαγάνι, Νερονήσι, Στρογ-γυλή, Πίττα κ.α.) και ο Πλούταρχος Τραγιά.
Οι νεότεροι περιηγητές το αναφέρουν ως Agatonissi.

Η σημερινή ονομασία του που χρησιμοποιείται τα τελευταία πενήντα περίπου χρόνια πηγάζει από τον αγαθό-καλό χαρακτήρα των κατοίκων του, και το κείμενο της μετονομασίας του νησιού το υπόγραψαν όλοι οι κάτοικοι. Άλλη εκδοχή λέει ότι το όνομα του νησιού οφείλεται στο Αγαθόχορτο το οποίο συναντάται συχνά στο νησί.

Κατά την προϊστορική περίοδο κατοικούνταν από Κάρες. Ακολούθησαν οι Ίωνες της Μιλήτου και αργότερα οι Δωριείς.
Με χρυσόβουλο του Δούκα Αγγέλου του Κομνηνού το Αγαθονήσι δωρίζεται στη Μονή της Πάτμου. Μέχρι το 14ο αιώνα μ.Χ. ήταν κρησφύγετο πειρατών, ενώ το 1522 περιέρχεται στην κυριαρχία των Τούρκων.
Ο νεότερος εποικισμός του Αγαθονησίου έγινε από Πάτμιους και Φουρνιώτες στις αρχές του 19ου αιώνα. Το 1912, οι Ιταλοί διαδέχονται τους Τούρκους και στις 7 Μαρτίου μετά την ενσωμάτωση της Δωδεκανήσου στην Ελλάδα το 1948 υπάγεται διοικητικά στο Δήμο Πάτμου. Το 1954 γίνεται αυτόνομη Κοινότητα.
Το σχήμα του μοιάζει με γάιδαρο γι' αυτό και κάποιες από τις παλαιότερες ονομασίες του ήταν Γάιδαρος ή Γαϊδουρονήσι.