Το Αρχαιολογικό Μουσείο της Σαμοθράκης βρίσκεται στην Παλαιόπολη της Σαμοθράκης και στεγάζει τοπικά ευρήματα, τα περισσότερα από τα οποία προέρχονται από τις ανασκαφές των Αμερικάνων, καθώς και από παραδόσεις που έγιναν από κατοίκους του νησιού. Από το 1938, το Ίδρυμα Αρχαιολογικών Ερευνών του Πανεπιστημίου Νέας Υόρκης, ξεκίνησε τις ανασκαφές στον αρχαιολογικό χώρο, αφού κατά τον 19ο αιώνα καταληστεύθηκε από Γάλλους και Αυστιακούς λαθρανασκαφείς και αρχαιοκάπηλους. Στο μουσείο εκτίθενται κυρίως ευρήματα από τις ανασκαφές στο Ιερό των Μεγάλων Θεών, τα οποία παρουσιάζονται σε τέσσερις αίθουσες.
Στην κεντρική αίθουσα, βρίσκονται αρχιτεκτονικές αποκαταστάσεις από τα κυριότερα κτίρια του Ιερού, όπως ο θριγκός της Αυλής του Βωμού του Ιερού και του Θόλου της Αρσινόης Β΄, που την κοσμούν ταύροι και ρόδακες. Επίσης τμήματα της ανωδομής της Αίθουσας των Αναθημάτων, μαρμάρινη επιγραφή που απαγόρευε την είσοδο των αμύητων στο άδυτο του Ανακτόρου (Αμύητον μη εισιέναι). Στη δεύτερη αίθουσα υπάρχουν τμήματα της ανάγλυφης μαρμάρινης ζωφόρου του Πρόπυλου του Τεμένους (χρονολογείται γύρω στο 340 π.Χ.) με τις χορεύτριες, οι οποίες σύμφωνα με τον Ciriaco d' Ancona ήταν Μούσες, η προτομή του μάντη Τειρεσία, μια ολόσωμη αλλά ακέφαλη μορφή ίσως της Περσεφόνης κ.α.
Στην τρίτη αίθουσα ο επισκέπτης βλέπει ένα πάγκο με μαρμάρινα στηρίγματα τα οποία προέρχονται από την Ιερή Οικία. Στο βάθος της τρίτης αίθουσας εκτίθεται ένα ακέφαλο άγαλμα της Νίκης, που αποτελούσε το πίσω γωνιακό ακρωτήριο του Ιερού. Ήταν αφιέρωμα του Δημητρίου του Πολιορκητή μετά την νίκη του στη Κύπρο και είχε τοποθετηθεί πάνω στη πλώρη ενός πλοίου με ανοιχτά φτερά σαλπίζοντας ορμητικά τη νίκη. Το άγαλμα είναι φτιαγμένο από πάριο μάρμαρο και έχει ύψος 2,75 μέτρα. Στις προθήκες της τρίτης αίθουσας, όπου εκτίθενται μεταλλικά αντικείμενα, ξεχωρίζει μια περσική καρφίτσα σε μορφή λιονταριού.
Στην τέταρτη αίθουσα εκτίθενται ευρήματα από τις Νεκροπόλεις και ένα εκμαγείο της Νίκης της Σαμοθράκης, η οποία σήμερα βρίσκεται στο Μουσείο του Λούβρου. Το 1863, όταν ο Γάλλος Πρόξενος στην Αδριανούπολη C. Champoiseau, ανακάλυψε και μετέφερε στο Παρίσι το ακέφαλο άγαλμα της «Νίκης της Σαμοθράκης». Επίσης στην αίθουσα αυτή σε προθήκη βρίσκονται τα περισσότερα από τα πολύτιμα κοσμήματα και ασημένια νομίσματα που βρέθηκαν κατά την ανασκαφή των Νεκροπόλεων, ανάμεσά τους ασημένια και χρυσά σκουλαρίκια, πόρπες, δαχτυλίδια, χρυσό περιδέραιο, χρυσά στεφάνια κ.ά. που χρονολογούνται από το τέλος του 6ου αι. π.Χ. μέχρι την εποχή του Αυγούστου. Το αρχαιολογικό μουσείο είναι ανοιχτό για το κοινό καθημερινά, εκτός Δευτέρας, από τις 08:30 έως τις 15:00.
Συντάκτης: Φωτεινή Αναστασοπούλου
