Η Μονή βρίσκεται βόρειο δυτικά του χωριού Βουϊδομαγερειό (ή Δουμαεργιό), του σημερινού Κεντροχωρίου. Η ίδρυση της ορίζεται στα χρόνια της πρώιμης Ενετοκρατίας ή και παλαιότερα στα βυζαντινά χρόνια γύρω στο 961-1204 μ.χ. Αναφέρεται σε ενετικά έγγραφα του 1635 και 1640, και σε έγγραφο του 1658 του Ιεροδικείου Ρεθύμνης, ως ακμάζουσα μονή. Ιστορικά στοιχεία σχετικά με τη λειτουργία της Μονής κατά τη τουρκική κατοχή διασώζονται στο αρχείο της Ι.Μονής Πρέβελης. Την 15η Ιουνίου 1821, Αμπαδιώτες Τούρκοι πυρπόλησαν το μοναστήρι και σκότωσαν τους μοναχούς. Η ερειπωμένη Μονή προσαρτήθηκε ως Μετόχι στην Μονή Πρέβελης. Το 1836, λειτούργησε στο χώρο η «Σχολή του Αγίου Πνεύματος», ένα από τα γνωστότερα πνευματικά κέντρα της τουρκοκρατούμενης Κρήτης, ενώ το 1899 ιδρύθηκε το πρώτο Δημοτικό Σχολείο που κάλυπτε τις ανάγκες και των γύρω χωριών. Η περιοχή του Κεντροχωρίου είναι ευρέως γνωστή από την περίοδο του Βυζαντίου λόγω του Θρύλου της «Αρχόντισσας Μαρίας», ιδιοκτήτριας της περιοχής. Λέγεται ότι η Μαρία έχτισε και το μοναστήρι του Αγίου Πνεύματος, όπου μόνασε και ενταφιάστηκε. Στο Βουϊδομαγερειό (βόδια + μαγειρίο) υπήρχαν οι στάβλοι των ζώων και έμεναν οι ζευγολάτες στην υπηρεσία της αρχόντισσας. Επίσης με δική της πρωτοβουλία διαμορφώθηκαν όλες οι βραχώδεις πλαγιές του Κεντροχωρίου σε καλλιεργήσιμα εδάφη.
Στον αύλειο χώρο του μοναστηριού, το οποίο είναι σήμερα εκτός λειτουργίας, υπάρχει μνημείο πεσόντων προς τιμήν των 200 εθελοντών αγωνιστών που έπεσαν ηρωικά πολεμώντας τους Τούρκους στις 5 Δεκεμβρίου 1868.
Συντάκτης: Νίκη Καλοπαίδη