Βρίσκεται μπροστά από την πύλη της Φορτέτσας.
Στο Μουσείο εκτίθενται σπουδαιότατα ευρήματα: ειδώλια, κοσμήματα, εργαλεία, αιχμές δοράτων νεολιθικής εποχής από το σπήλαιο Γερανίου και το σπήλαιο Ελένες Αμαρίου.
Επίσης κεραμική υστερομινωικής εποχής από τον Μασταμπά Ρεθύμνου και το νεκροταφείο στους Αρμένους.
Η συλλογή του Μουσείου περιλαμβάνει επίσης σφραγιδόλιθους, κοσμήματα, λάρνακες, ειδώλια με θεές σε λατρευτική στάση από διάφορες ανασκαφές του νομού. Μια μικρή αιγυπτιακή συλλογή, ερυθρόμορφα αγγεία διάφορων εποχών, καθώς επίσης και αγάλματα ελληνιστικά και ρωμαϊκά. Επιπλέον σημαντική συλλογή νομισμάτων διαφόρων εποχών και περιοχών.
Συντάκτης: Φωτεινή Αναστασοπούλου