Βρίσκεται στην Παλιά Πόλη και στεγάζεται στο παλαιό κτήριο του αβαείου το οποίο αναπαλαιώθηκε πρόσφατα.
Φιλοξενεί μια από τις σημαντικότερες συλλογές του Ρεθύμνου στην οποία περιλαμβάνονται μαλάκια, σπόγγοι, ιχθύες και ορισμένα απολιθώματα.
Συντάκτης: Φωτεινή Αναστασοπούλου