Βρίσκεται ανάμεσα στο Φηροστεφάνι και το Ημεροβίγλι και είναι μία από τις παλαιότερες γυναικείες Ιερές Μονές των Κυκλάδων. Το καθολικό της μονής είναι τρισυπόστατο. Το ένα παρεκκλήσι αφιερώθηκε στη Ζωοδόχο Πηγή, το κεντρικό στον Άγιο Νικόλαο και το τρίτο στον Άγιο Παντελεήμονα.
Στην εκκλησία του Αγ. Νικολάου θα δείτε και μια έξοχη βυζαντινή εικόνα του Αγίου Νικολάου
Η ίδρυσή της διακρίνεται σε δύο στάδια: αρχικά, το 1651, είχε ιδρυθεί η παλαιά Μονή στη περιοχή του Σκάρου, κι αργότερα στη θέση όπου είναι σήμερα.
Το κάστρο του Σκάρου ήταν ένας από τους πέντε οικισμούς της Θήρας κατά το μεσαίωνα. Εκεί κατοικούσαν πολλές οικογένειες, ορθοδόξων και καθολικών, υπήρχαν δε εκκλησίες και μοναστήρι για τους Καθολικούς.
Μία από τις οικογένειες ήταν και η οικογένεια του Γκύζη, η οποία διακρινόταν για τα θερμά θρησκευτικά της συναισθήματα. Απόδειξη ήταν ο ιδιόκτητος ναός του Αγίου Νικολάου, τον οποίο και ίδρυσαν κατά την εγκατάστασή τους στο Σκάρο. Την ημέρα της εορτής του Αγίου Νικολάου, το 1651 αποφάσισαν τα πέντε αδέρφια της οικογένειας να επισκεφθούν τον Επίσκοπο Σαντορίνης, για να αναφέρουν ότι θέλουν να μεταβάλλουν τον ιδιωτικό τους Ναό σε Μοναστική Κοινότητα γυναικεία γιατί κάτι τέτοιο δεν υπήρχε σε ολόκληρο το νησί.
Το όραμα του Αγίου, τον οποίο πολλές ημέρες έβλεπαν, ο Επίσκοπος το άκουσε με πολλή ευλάβεια, και αμέσως έδωσε τις οδηγίες του για την πραγματοποίηση της επιθυμίας των αδερφών Γκύζη. Όλα όμως έγιναν υπό έναν όρο: η μονή να φέρει το όνομα των Γκύζηδων. Το 1655 οι μοναχές ήταν 4 ενώ ο αριθμός μεγάλωνε συνεχώς. Κατά τα έτη 1700-1702 υπήρχαν 25 μοναχές, οι οποίες ασχολούνταν με την υφαντική.
Την περίοδο της Τουρκοκρατίας, η Μονή, επειδή ήταν ιδιωτική έπρεπε να πληρώνει φορολογία. Για να αποφύγουν τους φόρους, οι κτήτορες της Μονής αποφάσισαν να κάνουν τη Μονή Πατριαρχική και Σταυροπηγιακή κατά το έτος 1657. Όμως, μετά από τριάντα χρόνια, το 1687, επί Πατριάρχου Ιακώβου, εκδόθηκε σιγίλιο, το οποίο όριζε : η Μονή να είναι κοινοβιακή, η ηγουμένη να εκλέγεται με πλειοψηφία, να ελέγχεται η οικονομική διαχείρισή της, η δε ζωή των μοναχών να είναι ασκανδάλιστος.
Γύρω στα 1815 όμως, η περιοχή του Σκάρου, άρχισε να ερημώνει. Οι μοναχές αναγκάστηκαν και αυτές να φύγουν.
Ο Οικουμενικός Πατριάρχης Κύριλλος ο Στ, την 3η Ιανουαρίου 1816, έδωσε την κανονική άδεια στην οποία αναφέρονταν εκτός των άλλων ότι, δεν έπρεπε να πουληθεί κανένα κτήμα χωρίς την απόφαση του Οικουμενικού Πατριαρχείου.
Μετά από τρία χρόνια, έγινε εφικτό να ξεκινήσει η ανέγερσή του νέου κτιρίου της Μονής με οικονομική βοήθεια από τους πιστούς.
Η μονή έπαψε να θεωρείται και ιδιωτική με απόφαση του Αρείου πάγου το έτος 1849. Η σημερινή αδελφότητα αποτελείται από δύο μοναχές.
Συντάκτης: Φωτεινή Αναστασοπούλου